Kyoto, 1490.
Dans une cité impériale qui n'en finit plus de panser les plaies des guerres qui l'ont dévastée quinze ans auparavant, l'enquêteur Ryôsaku se lance aux trousses du plus terrifiant et mystérieux des criminels : le Shogun de l'ombre. Kaoru, Keiji et Sozô, les trois adolescents qui lui ont été imposés comme assistants, ne sont plus des débutants. Après une première enquête qui les a menés aux confins du Japon, les voici confrontés aux mystères de Kyoto. En pleine reconstruction, la capitale impériale va leur réserver bien des surprises et de terribles épreuves. Dans l'atmosphère humide et moite de l'été, entre temples bouddhistes, sanctuaires shintô et théâtre nô, Ryosaku et les trois jeunes adolescents vont devoir unir leurs forces pour vaincre ce Shogun de l'Ombre qui semble, lui disposer de celle de tous les esprits...

Japon, 1489. Dans un pays sombrant dans le chaos des guerres civiles, l'enquêteur Ryôsaku est chargé par le shôgun de pourchasser de mystérieux assassins prenant pour cibles des samouraïs. En compagnie de Kaoru, Keiji et Sôzô, trois adolescents maîtrisant l'art du sabre, mais hantés par un passé douloureux, il traque sans merci ces tueurs insaisissables. Armé de son seul " marteau à sagesse ", Ryôsaku devra éviter à ses compagnons de tomber dans des pièges aussi nombreux que pervers et affronter l'essence même du mystère. Les jeunes samouraïs et leur mentor auront fort à faire pour mettre au jour un secret plus terrifiant encore que tout ce qu'ils auraient pu imaginer...